Magyarország és Indonézia között az elmúlt években folyamatosan erősödnek a felsőoktatási kapcsolatok. A két ország közötti együttműködés egyik legfontosabb pillére a Stipendium Hungaricum (SH) ösztöndíjprogram, amelynek keretében minden évben maximális 110 fő indonéz hallgató kezdheti meg tanulmányait magyar egyetemeken. A program nagy népszerűségnek örvend Indonéziában, és hozzájárul ahhoz, hogy egyre több indonéz fiatal ismerje meg a magyar felsőoktatást, kultúrát és kutatási környezetet. A program elérhetősége: https://stipendiumhungaricum.hu/ és https://studyinhungary.hu/
Mintegy 180 fő regisztrált az Indonéziában működő alumni közösségbe, melynek elérhetősége: https://alumninetworkhungary.hu/ Magyarország egyébként összesen mintegy 600 ösztöndíjat ad évente az ASEAN tagállamoknak az SH program keretében.
A hallgatói mobilitás mellett az intézményi együttműködések is bővülnek. Egyre több magyar egyetem érdeklődik Indonézia iránt, ami az oktatási témájú delegációk számának növekedésében is megmutatkozik. Magyar felsőoktatási intézmények képviselői rendszeresen látogatnak Indonéziába partnerkapcsolatok kialakítása, közös kutatások és csereprogramok előkészítése céljából. Többek között a Pécsi- és Szegedi Tudományegyetem, a Pázmány Péter Katolikus Egyetem, a Budapesti Műszaki és Gazdaságtudományi Egyetem, a Semmelweis Egyetem, a Budapest Metropolitan Egyetem, az Eszterházy Károly Katolikus Egyetem a Debreceni Egyetem, illetve más hazai intézmény épített ki ilyen kapcsolatokat az indonéz partnerekkel. Az indonéz egyetemek és oktatási intézmények delegációi szintén gyakran utaznak Magyarországra hasonló együttműködések fejlesztése érdekében.
A magyar felsőoktatás évente megjelenési lehetőséget kap Indonézia egyik legnagyobb nemzetközi oktatási rendezvényén, az European Higher Education Fair (EHEF) eseményen is, ahol magyar egyetemek és a Stipendium Hungaricum program iránt érdeklődő diákok közvetlenül találkozhatnak. Az ilyen események fontos szerepet játszanak abban, hogy a magyar felsőoktatás láthatósága tovább erősödjön Indonéziában.